ان الهدف الرئيسي من انشاء المتحف هو حماية الملامح التاريخية للموقع الأثري ، اضافة الى توثيق الحقب الأثرية عبر الحفاظ على القطع الأثرية المكتشفة في موقع قلعة البحرين ، يقع متحف قلعة البحرين مقابل قلعة البحرين التاريخية ، التي تعد واحدة من أهم الحصون السياسية والعسكرية التاريخية المعروفة في منطقة الخليج العربي ، هذه القلعة هي جزء من موقع قلعة البحرين ، الذي أدرج على قائمة التراث العالمي لمنظمة الأمم المتحدة للثقافة والتربية والعلوم اليونيسكو عام 2007م ، ويشكل المتحف من موقعه الذي يطل منه على أجمل المشاهد الطبيعية والعفوية التي تنسجم فيها البيئة البحرية مع الحزام الأخضر للمنطقة ، ويعد ذلك من المساحات البيئية التي لم يطلها التغيير العمراني

تتحدث مقتنيات المتحف عن خمس حقب تاريخية مختلفة متواجدة في خمس صالات مختلفة ، هذه الصالات توظف الآثار المكتشفة في موقع قلعة البحرين لتقديم شرح تاريخي يعتمد على التسلسل التاريخي للقطع الأثرية ما بين الممرات

التصميم الثلاثي لمتحف موقع قلعة البحرين يقع على طابقين ، ويعمل على نسج علاقة قوية ما بين أجواءه في الداخل والطبيعة المفتوحة في الخارج ، كما تسمح واجهة المتحف الخلفية المطلة على البحر بفتح معبر ما بين القرية الداخلية حتى الشاطئ ، أما أجزاء المتحف الأخرى فهي الباحة الرئيسية له والمقهى المتصل بها ، والذي يطل على واجهة البحر بشكل يقابل قلعة البحرين ، كما يضم المتحف كذلك قاعة محاضرات ودكان هدايا